Sejarah Pondok Pesantren Nurut Tauhid bermula dari kegiatan dakwah yang dirintis oleh KH. Abdul Ghoni Halim melalui penyelenggaraan Majelis Taklim di Desa Wonorejo. Seiring meningkatnya antusiasme masyarakat untuk memperdalam ilmu agama Islam, kegiatan tersebut kemudian berkembang dengan didirikannya Madrasah Diniyah sebagai lembaga pendidikan keagamaan bagi masyarakat sekitar.
Perkembangan Madrasah Diniyah yang semakin pesat mendorong lahirnya cita-cita untuk mendirikan sebuah pondok pesantren sebagai pusat pendidikan Islam yang lebih komprehensif. Atas izin Allah SWT serta dukungan dan kepercayaan masyarakat, salah seorang warga mewakafkan sebidang tanah yang kemudian menjadi lokasi berdirinya pondok pesantren.
Pada awal pendiriannya, pesantren ini diberi nama At-Tauhid. Nama tersebut memiliki kaitan erat dengan semangat dakwah yang dibangun oleh KH. Abdul Ghoni Halim. Pada masa pembangunan pesantren, beliau bersama para santri sering membagikan lembaran bertuliskan kalimat Lā ilāha illallāh sebagai media dakwah dan penguatan nilai-nilai tauhid kepada masyarakat. Tradisi tersebut terinspirasi dari perjuangan dakwah KH. As'ad Syamsul Arifin (Kanjeng Ares) yang dikenal luas melalui syiar kalimat tauhid.
Sekitar satu tahun setelah berdirinya Pondok Pesantren At-Tauhid, diselenggarakan Haflah Pertama sebagai bentuk rasa syukur atas perkembangan pesantren. Pada kesempatan tersebut, KH. Abdul Ghoni Halim mengundang KH. Moh. Hasan Mutawakkil Alallah, Pengasuh Pondok Pesantren Zainul Hasan Genggong, Probolinggo, untuk memberikan mau'izhah hasanah.
Dalam kesempatan itu, KH. Moh. Hasan Mutawakkil Alallah memberikan nasihat sekaligus usulan agar nama At-Tauhid disempurnakan dengan menambahkan kata "Nur", sehingga menjadi Nurut Tauhid. Penambahan nama tersebut bukanlah tanpa makna. Semasa menimba ilmu di Pondok Pesantren Zainul Hasan Genggong, KH. Abdul Ghoni Halim dikenal sebagai santri yang mengemban amanah di bidang penerangan pesantren. Beliau bertugas mengoperasikan mesin diesel, menyalakan lampu, memperbaiki instalasi penerangan, serta memastikan seluruh fasilitas pencahayaan pesantren berfungsi dengan baik.
Pengabdian tersebut menjadi inspirasi bagi KH. Moh. Hasan Mutawakkil Alallah untuk menambahkan kata "Nur", yang bermakna cahaya, sebagai simbol bahwa pesantren diharapkan menjadi sumber cahaya keimanan, ilmu pengetahuan, dan petunjuk bagi umat. Sejak saat itu, nama Pondok Pesantren Nurut Tauhid resmi digunakan dan terus dipertahankan hingga sekarang.
Berbekal semangat tauhid, keikhlasan, dan pengabdian kepada umat, Pondok Pesantren Nurut Tauhid terus berkembang menjadi lembaga pendidikan Islam yang berkomitmen mencetak generasi berakhlakul karimah, berilmu, serta mampu memberikan manfaat bagi agama, bangsa, dan masyarakat.
